1、忍刀七人众：源于雾隐村的超级小队，每位成员都拥有一把传奇忍刀，组合成为最强的组织之一，成员不断更迭，但是组织的名号却从未改变，一直传承下去，曾经出现一位水影。
2、鹰：鹰小队是在佐助杀掉大蛇丸以后，为了找寻鼬报仇，集结了鬼灯水月、天枰重吾、香磷组成的复仇小队。虽然该小队只有四人，但是帮助佐助成功地躲过了木叶的追捕，并成功找到了鼬。在之后的云雷峡之战，鹰小队在磨合之下，互帮互助，最终将八尾的一只脚成功捕获。
3、根：根是由志村团藏直接领导的暗部组织，其与纲手直接管理的暗部不同，以扼杀成员的情感来获得战斗实力，佐井就是很好的例子。但是如卯月夕颜、大和、鼬、卡卡西等出身于火影直属暗部的人，是不同于根的。根中隐藏了很多实力强劲的忍者，如山中风与特鲁尼，但是由于碰到了带土，皆死于非命。
4、音隐众：大蛇丸最善于开发禁术的忍者，很多忍者为追求强大的力量慕名而来，变成大蛇丸的得力助手，前期的音忍五人众于兜成功协助大蛇丸，杀死了四代风影，完成了袭击木叶的计划，说是国家组建的忍村，但实际是大蛇丸的个人势力。
5、晓：晓组织是火影里实力最强的组织，也是整个忍者世界无法匹敌的团体。晓组织的每一份成员都拥有不用于常人的实力，带土、斑、长门可以驾驭轮回眼，鼬拥有万花筒写轮眼以及须佐能乎三大神器，干柿鬼鲛为水遁最强者，角都为泷忍暗杀高手，飞段拥有不死之身，迪达拉起爆黏土威力惊人，蝎为傀儡师中的天才以及前组织成员的不死大蛇丸。